L’idée d’entreprendre un atlas géographique du Saguenay—Lac-Saint-Jean dans Internet a pris forme en 1995 en même temps que l'Atlas du Québec et de ses régions (AQR), un projet structuré en trois niveaux: national, interrégional et régional.

En 1997, l’équipe de l’Université du Québec à Chicoutimi (UQAC) présentait un prototype d’atlas régional. Elle avait accepté cette mission notamment en raison de son expertise dans le domaine de la cartographie de régions et en région. En effet, on y avait produit un Atlas régional du Saguenay—Lac-Saint-Jean (Les Laboratoires de géographie, Chicoutimi, Gaétan Morin Éditeur, 1981, 98 planches); Le profil du Nord du Québec, (Jules Dufour et Claude-P. Côté, Québec, Office de planification et de développement économique du Québec, 1983, 184 pages); Les Cartes des stress environnementaux au Québec, (Jean Désy et Jules Dufour, Québec, Regroupement pour un Québec Vert, 1987, 1990, 1991, 1: 250 000); l'Atlas électronique de l’évolution de l’agriculture au Québec 1981-1991, (Majella-J. Gauthier, Chicoutimi, Université du Québec à Chicoutimi, 1994); Cartographie dans les médias, (Majella-J. Gauthier, Québec, Presses de l’Université du Québec, 1988, 121 pages).

La phase de démarrage de l'Atlas du Saguenay—Lac-Saint-Jean dans Internet s'est terminée au début de l'année 2000. La phase d'analyse et de production a débuté en février 2000 et, depuis, les chercheurs l'alimentent en contenu à partir des produits de la recherche, des ententes avec des partenaires et au fur et à mesure de l'arrivée de financement.